Compete ao conselho clínico:
a) Avaliar a efectividades dos cuidados de saúde prestados;
b) Dar directivas e instruções para o cumprimento das normas técnicas emitidas pelas entidades competentes, nomeadamente no que se refere à observância dos programas nacionais;
c) Fixar procedimentos que garantam a melhoria contínua da qualidade dos cuidados de saúde;
d) Aprovar orientações clínicas relativas à prescrição de medicamentos e meios complementares de diagnóstico e terapêutica, bem como os protocolos clínicos adequados às patologias mais frequentes;
e) Propor ao director executivo a realização de auditorias externas ao cumprimento das orientações e protocolos clínicos;
f) Apoiar o director executivo em assuntos de natureza técnico-profissional e de gestão clínica;
g) Verificar o grau de satisfação dos profissionais do ACES;
h) Organizar e controlar as actividades de desenvolvimento profissional contínuo e de investigação;
i) Decidir sobre conflitos de natureza técnica.